Una mañana, los habitantes de la ciudad de Metrópolis vieron cómo una multitud de naves espaciales descendían del cielo desde donde aparecían los extraterrestres. Inmediatamente abrieron fuego contra los civiles y comenzaron a cazarlos. El valiente héroe que siempre ha defendido la ciudad debe volver a luchar. Estamos en el juego Superman: Theme is Aliens ayudará a Superman a defender su ciudad y destruir a sus oponentes. Nuestro héroe tendrá que guiarse por el radar, que le dirá dónde están los soldados alienígenas. Después de eso, corriendo hacia ellos tendrás que atacar al enemigo. Puedes matarlos con puñetazos o usar las súper habilidades de tu héroe.