En la historia de Secret Lagoon conocerás a Paul. Es un marinero de tercera generación y viaja a menudo en su pequeño bote a vela. Al héroe le encanta explorar nuevos lugares, haciendo largos viajes. Esta vez fue fabulosamente afortunado, encontró una laguna, que no está marcada en ningún mapa. Parecía extraño, porque prácticamente no había manchas blancas, toda la isla estaba marcada e investigada, y por alguna razón se perdieron esta laguna. El capitán va a anclar y examinar el lugar en detalle. Quiere descubrir por los objetos encontrados quién estaba aquí antes que él y por qué ahora está desierto.